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我国开始在上海市试点营业税改征增值税（以下简称“营改增”）政策，试点行业包括交通运输业和部分现代服务业。除铁路运输外，原营业税“交通运输业”税目下的所有子税目都在“营改增”的范围内，不过其中的“装卸搬运”不再属于“交通运输业”税目，而归类至现代服务业的“物流辅助服务”税目，按6%的税率征收，交通运输业的税率为11%。
在没有改革之前，运输发票是增值税一般纳税人可以抵扣进项税额的“四小票”之一。从1994年5月1日起运输发票就可以计算抵扣进项税额，最初的扣除率为10%，而后调整为7%。经过本次改革，交通运输业可以抵扣的税率则为11%；但铁路运输不在本次改革范围内，依然适用7%的扣除率。由于全国的“营改增”试点从2013年8月1日开始，在今年6月和7月还存在小规模纳税人开具普通发票也可以计算抵扣的问题。因此，笔者仅以2013年8月1日作为分界点，详细说明运输业票据抵扣增值税进项税额的问题。
首先，我们先看2013年8月1日以后的情况。从2013年8月1日起，全国的交通运输业（除铁路外）都将改变为增值税纳税人，其中一般纳税人可以自行开具增值税专用发票，小规模纳税人可以到主管税务机关代开增值税专用发票或自行开具增值税普通发票，铁路仍使用铁路运输费用结算单据。因此，从2013年8月1日起，运输业票据有四种：货物运输业增值税专用发票、税务机关代开的增值税专用发票、增值税普通发票、铁路运输费用结算票据。对于全国的增值税一般纳税人，取得这四种发票可以抵扣的进项各不相同：取得货物运输业增值税专用发票，按发票记载的11%的税率认证抵扣进项；取得税务机关代开的增值税专用发票，按发票记载的3%的征收率认证抵扣进项；取得增值税普通发票，不能抵扣进项；取得铁路运输费用结算，按费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率抵扣进项。
其次，再看2012年1月1日至2013年8月1日的规定。在此期间运输业票据有五种：试点地区货物运输业增值税专用发票、试点地区税务机关代开的增值税专用发票、试点地区增值税普通发票、铁路运输费用结算票据、非试点地区公路内河货物运输业统一发票。对于全国的增值税一般纳税人，取得这五种票据可以抵扣的进项各不相同：取得试点地区一般纳税人开具的货物运输业增值税专用发票，按发票记载的11%的税率认证抵扣进项；取得试点地区小规模纳税人税务机关代开的增值税专用发票，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额；取得试点地区小规模纳税人自开的增值税普通发票，不能抵扣进项；取得铁路运输费用结算，按费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率抵扣进项；取得非试点地区营业税纳税人开具的公路内河货物运输业统一发票，按注明的运输费用和7%的扣除率抵扣进项。
从以上两种情况可以看出，部分试点和全国试点，取得交通运输业的票据发生的变化与抵扣率发生的变化，主要都在小规模纳税人身上。在全国试点前，从试点地区小规模纳税人取得的税务机关代开的增值税专用发票不是按发票记载的进项税额进行抵扣，而是按价税合并的7%的扣除率计算抵扣，即将此代开的增值税专用发票当作原营业税的“公路内河货物运输业统一发票”使用了。而全国试点后，取得小规模纳税人代开的增值税专用发票就是按票面记载的进项税额抵扣，符合增值税专用发票特点，不会再产生异议。
一般纳税人需特别注意运输发票的问题，尤其涉及跨期合同，准确掌握取得发票的时间和种类及可以抵扣进项税的金额，避免产生发票取得不合规而无法抵扣的风险。
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